只有兩成的已知有機物可以用氣相色譜法分析而不需要化學預處理，而剩下的八成可以用液相色譜法分析。液相色譜儀適用于分離生物和醫學大分子和離子化合物、不穩定天然產物、各種其他聚合物和不穩定化合物。

　　由于采用了新的顆粒固定相，柱效率大大高于填料塔的理論塔板數。由于液相色譜和流動相的柱效高，可以控制和提高分離過程的選擇性。因此，液相色譜法不僅可以分析不同類型的有機化合物及其異構體，而且可以分析性質相近的光學異構體。
　　液相色譜中使用的檢測器大多具有較高的靈敏度。由于采用了高壓泵，與傳統的液相色譜法相比，大大縮短了分析時間。當輸液壓力變大時，流動相流速加快，樣品的分析時間僅為幾分鐘到幾十分鐘。
　　液相色譜儀的常用檢測器都不會破壞本來物體的結構，由于這個優點，樣品被分析后，在大多數的情況下，可以除去流動相，實現了色譜純物質的回收。它已成為環境科學領域中重要的分析手段。